כשמבצעים אפיון לאתר אינטרנט ועיצוב ממשקים הניווט באתר הינו חלק בלתי נפרד מהתהליך. לך הלקוח ניווט באתר היא היכולת של הלקוח להגיע לדפים ואזורים באתר שאתה מגדיר כחשובים עבור הצלחת האתר. ניווט באתרים כולל אזורי ניווט כמו סרגל ניווט למעלה הכולל קישורים לדפים חשובים באתר וכן ניווט צד הכולל קישורים. מבחינת הגולשים יש למקם את הקישורים החשובים ביותר בצורה בולטת על מנת שהגולשים יגיעו אל הדפים. סרגל ניווט יכול להיות בנוי מקישורי טקסט שהם קישורים הכתובים ב html, קישורי תמונה שהם קישורים מתמונה וקישורי פלש שהם קישורים שנמצאים בקובץ פלש. ההבדל בניהם הוא שעבור מנועי חיפוש הקישורים הטובים יותר הם קישורי טקסט, אחריהם קישורי תמונה ואחריהם קישורי פלש. קישורי פלש הם חלק מקובץ פלש.
את סרגל הקישורים אפשר לבנות על ידי חברת בניית אתרים בצורה נפתחת, כלומר שאירוע מעבר עכבר על הקישור פותח עוד קישורים הנפתחים למטה או לצד, וכן ישנם סרגלי קישורים אשר יכולים לפתוח קישורים מרובים ביותר משורה אחת.
כדאי לרשום על הקישורים טקסט תיאורי שמתאר את מה שיקרה לאחר הלחיצה על הקישור. למשל מכשירי אלקטרוניקה הוא קישור שיוביל למוצרי אלקטרוניקה באתר. קישורי טקסט בתוך תוכן האתר יכולים גם הם להכיל טקסט אשר מסביר את עצמו ולא כדאי להשתמש בטקסט כמו "לחץ כאן". זה לא טקסט תיאורי והגולש לא יודע מה מצפה לו לאחר הלחיצה. מבחינת שימושיות קישור תמונה כדאי שיתלווה עם תיאור התמונה המתאר את תוכנה.
מבחינת קידום אתרים לקישורים ישנה משמעות גדולה. הקישורים מסדרים עבור מנועי החיפוש את מבנה האתר ועל ידי מעבר בין הקישורים מנוע החיפוש יודע למצוא את דפי האתר. דף באתר ללא קישור יתכן כי לא ימצא על ידי מנוע החיפוש (אלא אם יקבל קישור חיצוני). לכן כדאי לקשר לכל דפי האתר. ישנה גם משמעות למרחק של הקישור מדף הבית. מרחק גדול מדף הבית יכול להעיד על דף פחות רלוונטי.
מבנה ניווט האתר היא דרך ההתמצאות של הגולש באתר. בצורה זו אתה הלקוח מכוון אותו לעמודים שאתה הרוצה כי יגיע אליהם. מבחינת מנועי חיפוש וקידום האתר סרגל קישורים מראה למנוע החיפוש את כל העמודים באתר וכך הוא יכול להציג אותם בתוצאות מנוע החיפוש.